经过长期流传，在随后的元、明两代中，白莲教曾多次组织民众起来推翻统治者。不过，元代白莲教的组织和教义都起了一些变化，组织内部也变得戒律松懈宗派林立其中一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬弥勒下生，这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。

有一些教徒夜聚明散、集众滋事，还有的借机武装反抗蒙元朝廷的统治至大元年时，朝廷忌惮白莲教的势力过大，于是下令禁止过白莲教的传播。

可是当仁宗即位后，随即恢复了白莲教的合法地位不过好景不长，十年后英宗即位的时候，白莲教的活动又遭到了限制正因为蒙元朝廷的反复无常，使得许多地方的白莲教众，对元朝官府抱着敌对的态度。

此外，白莲教的信徒以中下层的百姓居多。故而，当元末上层掠夺兼并加剧，社会矛盾激化的时候，一些白莲教众率先扛起了反元的旗帜。

红巾起义的领导者韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜这些人，几乎都是白莲教徒，他们以明王即阿弥陀佛出世，以及弥勒下生的谶言鼓动百姓起来抗元，由此对蒙元朝廷的统治产生了巨大的影响。

崇祯的老祖宗，明太祖朱重名国瑞，还俗后曾取名兴宗，在参加了郭子兴红巾军后改名为朱元璋，他本人也正是白莲教众之一。

元朝末年，统治阶层的横征暴敛，加上只能用疯狂来形容的掠夺与兼并，使得活不下去的人们纷纷揭竿而起，元失其鹿，天下如郭子兴、韩山童、刘福通、徐寿辉、张士诚、陈友谅、朱元璋这些豪杰并起共逐之。

正是因为朱元璋这些豪杰起事，利用了白莲教的旗号，所以等到他坐上了皇位，还没来得及诛杀功臣，首要的一件事就是严禁白莲教。洪武、永乐年间，川、鄂、赣、鲁等地被禁教众举事，多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，不过均被武力值超高的朱氏父子镇压了。

明朝中叶以后，随着大明经济发展提速，民间的宗教名目也日趋繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，还有的教派更是开出了一教数名这种奇葩。

这些教派又各显其能什么施符水、祭天雷、布、弯铁条、隔空取物、过电打人，挥挥手消灾祛病，抬抬脚凌波微步虽然这些人物和教派各不相属教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，但是他们的身上或多或少地带有白莲教的胎记，不仅老朱家认为它们实际上仍是白莲教，就是民间也笼统地称其为白莲教。

本章完