徐阶当然也是明白了嘉靖的意思，在与杨博等人商量之后，召回了部分御史，同时规定了巡按御史的职责，加强了兵备道的权力，同时规定，有关边墙的修葺等问题，必须由督抚会同总兵、副将、参将等实地勘察之后，报请兵部批准之后再施行，御史仅仅只是监督修葺的过程。

徐阶还下令由左都御史周延和右都御史葛守礼负责整顿都察院，吏部尚书王用宾和内阁一道整顿科道，将一批无事生非，专门以弹劾生事的科道言官加以裁汰。

而同时，蓟辽总督唐顺之正式向朝廷举荐河间知府海瑞为顺天巡抚。此事在科道再次引起波澜，大部分的科道官员都不同意海瑞出任顺天巡抚，因为本质上来说，巡抚乃是都察院的外差，海瑞担任巡抚，照例应当加授都察院右佥都御史一职，也就是成为都察院的高级御史。

但是很多言官们认为，科道选用只有二途。首先是庶吉士改授。其次是考选，参加考选的京官必须是进士出身的主事、中书舍人、行人、评事、博士等，地方则推官、知县。地方推、知入科道，称行取。但是不管怎么说，都必须是进士出身的官员，哪怕是三甲进士呢？

海瑞不过一介举人，就想担任右佥都御史这一职务，实在是有违国朝体例。

这点连徐阶也表现的十分为难，一方面是科道对此反应强烈，一方面徐阶深知，海瑞是朱载坖一手提拔上来的，这次唐顺之的举荐，背后也是朱载坖，若是徐阶阻拦此事，就必然得罪于朱载坖，徐阶又不是傻子，怎么可能干这种事情。

徐阶于是将唐顺之的荐章发吏部，要求王用宾给内阁明白回话，这已经是徐阁老能放水的极限了，让裕王党来审查裕王党的荐章，徐阶的意思已经很明确了。

果不其然，王用宾很快上疏内阁，认为海瑞考绩优良，理当拔擢。甚至王天官还贴心的帮徐阁老找好了理由，王用宾在给内阁的回文中称，王天官查考本朝科道官的选任，科道官选任虽很严格，但不拘出身、资格，进士、举贡、监生皆得补选，知县、学官亦可迁升。海瑞考绩优良、清廉自守，绝对能够担此重任。

而且王用宾还将嘉靖在嘉靖七年所提出的三途并用的用人之策重新拿出来说了，为吏部和内阁找到了依据，徐阶也据此上奏嘉靖，请求任命海瑞为都察院右佥都御史派巡抚顺天。

但是虽然嘉靖御批准允了，但是徐阶还是低估了科道搞事情的能力，吏科都给事中郭汝霖行使了自己的执奏封驳大权，拒不签署吏部给海瑞授官的奏疏，这下直接把事情搞大了，因为吏科执掌吏部引选之诸旨，外官领文凭之画字，他不签字，海瑞连官凭都领不到。